实验室内部布局分为试剂准备区、样本制备区、扩增产物分析区三个主分区和洗消室。每个分区都独立配有缓冲间。缓冲间内可用于衣物更换和手部清洁。缓冲间采用电子互锁门设计，保证分区内部压强和医护人员防护。各分区及缓冲间采用阶梯式压差设计以避免病毒泄露。每个分区与邻区间采用传递窗传递试剂和样本等物品。并且传递窗具有互锁和消杀功能，避免各分区间相互污染。实验室内部还配备一体式可视化控制系统，集成了灯光、空调新风、负压系统和消杀等调节和控制功能，并且能够实时监控各区负压和正压状态。

       内部走廊:三区医废符合国标的相关要求，设置专用内部走廊，将三区医废运送到洗消间高压灭菌处理。

       试剂准备区:负责试剂准备及配制RT-PCR反应液。内有一台超净工作台和医用冰箱，医生在里边进行准备试剂，准备完试剂之后，由后面传递窗，传递到标本处理间进行下步处理。

       标本制备区:负责接收样本并进行RNA提取和RT-PCR检测反应体系配置。准备完试剂之后，由后面样本传递窗。传递到样本处理间。医生在这里进行试验。本区配有生物柜，可以选装为单人操作款或双人操作款。桌子上可以摆两到三台96通道核酸提取仪。还可以放置振荡器。离心机等做实验的辅助设备，可以满足两到三个人在里面做实验。

       扩增分析区:进行RT-PCR检测。对核酸样本进行扩增分析，得出核酸检测结果。主要设备为PCR扩增分析仪器。可以根据需要配置三到九台。